Los niveles de estudios que se imparten son: las enseñanzas de Educación Secundaria Obligatoria  y las enseñanzas de Bachillerato de Ciencias. Desde el curso 97-98, la comarca en que se sitúa Villadiego, cuenta con una oferta educativa más amplia que permite, a los alumnos que deseen cursar estudios del Bachillerato de Humanidades y Ciencias Sociales, permanecer en la zona en que viven, pues el Instituto de Educación Secundaria Odra-Pisuerga, en Melgar de Fernamental, lo incluye en su plan de estudios.

La oferta educativa, específica de este centro, pasa por favorecer e impulsar la opcionalidad, tal y como queda recogido en la normativa vigente, la LOMLOE, que este curso queda implantada definitivamente a todos los niveles.

En este sentido, este curso escolar volvemos a ofertar la opción de cursar 3º de ESO por el programa de Diversificación, en pequeño grupo, para aquellos alumnos con necesidades educativas que hayan sido propuestos por el equipo evaluador y siempre con la conformidad de sus padres o tutores legales.

Conscientes de las limitaciones de matrícula y del esfuerzo que a la administración supone sostener los propósitos iniciales, nos vemos obligados a precisar a los alumnos que las materias optativas están sujetas a la disponibilidad horaria de profesores y a profesores especialistas que la propia Consejería de Educación y Cultura proporcione al Instituto.

Por otro lado, hay que hacer referencia a que el IES Campos de Amaya es un centro de integración. Cuenta con una maestra de Pedagogía Terapéutica que apoya a alumnos con necesidades educativas específicas de ESO. 

Con la incorporación el curso 2024 - 25 de una alumna con discapacidad severa, el instituto cuenta además con una Asistente Técnica Educativa que la acompaña permanentemente para ayudarla en sus necesidades físicas y motrices.